number型はデフォルトでカンマ編集されて出力される

とりあえずnullチェックしてBuilt-inを使えば、普通に出力できた。

FreeMarker Manual - Built-ins for strings
http://freemarker.sourceforge.net/docs/ref_builtins_string.html#ref_builtin_string_for_string

<#if data.hoge_num ??>${data.hoge_num?string("0")}</#if>